El español Dani Pedrosa (Repsol Honda RC 213 V) se reencontró con la victoria, que no lograba desde el Gran Premio de Francia disputado en Le Mans, al imponerse en el Gran Premio de Malasia que ganó de manera clara en el circuito de Sepang por delante de su compañero de equipo Marc Márquez y de Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), y en la que Álvaro Bautista acabó quinto.
Una vez más imperdonable error de Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V) en la salida, en la que su moto comentó a levantar la rueda delantera y al aflojar el acelerador se vio superado tanto por Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), como por Dani Pedrosa, dos auténticos especialistas en esos momentos.
Pero peor les fue al español Héctor Barberá (FTR), el inglés Michael Laverty (ART) y el estadounidense Colin Edwards (FTR), que se saltaron el semáforo y fueron penalizados con un paso por la calle de talleres.
El italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) era el cuarto en discordia e intentó sorprender a Márquez, por entonces tercero, pero éste le devolvió el adelantamiento sin dudar en la curva en la que sufrió su accidente mortal el italiano Marco Simoncelli.
Rossi sufrió una caída durante los entrenamientos libres matinales en la que no se produjo ningún daño y, desde luego, no mermó sus ganas de luchar nuevamente por el podio.
En cabeza, Jorge Lorenzo tiró con fuerza para intentar escaparse de sus rivales, pero Dani Pedrosa, muy atento, se pegó tras su estela para evitar que eso sucediese y ni Márquez ni Rossi se dejaron sorprender tampoco. Tras el cuarteto se coló el también español Álvaro Bautista (Honda RC 213 V), quien con su buena salida dejó atrás al británico Cal Crutchlow (Yamaha YZR M 1).
Con el quinteto completamente pegado, el ritmo impuesto fue de récord, uno más para Marc Márquez, que en la segunda vuelta lo estableció en 2:01.415, batiendo el anterior, que estaba en poder del australiano Casey Stoner desde el año 2007, 2:02.108.
Como primera consecuencia de ello Bautista fue el primero en irse quedando rezagado, en tanto que Pedrosa pasaba a Lorenzo al final de la quinta vuelta y Márquez, muy atento, no tardó demasiado en hacerlo sabedor de que en caso contrario su compañero en el equipo Repsol podía acabar poniendo tierra de por medio.
Pero Márquez no contó con la respuesta de un valiente Lorenzo, que por el interior le volvió a superar, aunque ambos protagonizaron una secuencia de adelantamientos en la sexta vuelta que resultó espectacular, el resultado, Lorenzo recuperó la segunda posición, Rossi se iba quedando atrás poco a poco y Bautista y Crutchlow ya se peleaban por el quinto puesto.
Márquez supo esperar su momento tras tan ardua batalla con el doble campeón del mundo de MotoGP para consolidar su adelantamiento en la novena vuelta y a partir de ese momento marcharse en busca de su compañero de equipo, que contaba con una ventaja de poco más de segundo a falta de más de la mitad de la carrera.
Pedrosa supo mantener en todo momento un ritmo muy alto que terminó de sentenciar los aspirantes a la victoria, pues Rossi acabó definitivamente descolgado, Jorge Lorenzo no pudo mantenerse tras la estela de Márquez a éste le costó enjugar las diferencias ya que ambos rodaron prácticamente en la misma milésima de segundo.
Tras varias vueltas intentando neutralizar la ventaja de su compañero en el equipo Repsol, Marc Márquez arrojó la toalla a unas cinco vueltas del final, dando clara muestra de conformarse con una segunda posición que le mantiene como sólido líder del campeonato, pues aumenta en cuatro puntos la diferencia respecto al segundo clasificado, Jorge Lorenzo, que fue tercero.
Aleix Espargaró (ART), que tuvo un ligero percance en los últimos entrenamientos libres al perder el guardabarros delantero de su moto, fue nuevamente el mejor en la categoría CRT (Claiming Rules Team), al finalizar en noveno lugar la prueba.