Un total de 140 jugadores de todas las edades se entrenan a diario en la Escuela de Fútbol del CD Sigüenza. Los futbolistas seguntinos compiten semanalmente en ligas provinciales en todas las categorías inferiores en las que ha salido equipo, y tienen dos plantillas sénior, el Sigüenza B, que milita en el Grupo VI de la Segunda Autonómica, y el Sigüenza, que lo hace en el Grupo II de Primera Preferente.
La iniciativa de crear categorías base para el Club Deportivo Sigüenza venía gestándose desde hacía ya algunas temporadas. La instalación del césped artificial en el campo de La Salceda, así como los campeonatos veraniegos donde los más pequeños, y sus familias con ellos, le dio el impulso definitivo al proyecto para el que el Ayuntamiento diera el visto bueno. Con estos mimbres, en septiembre de 2011 fue creada la Escuela de Fútbol del club. La respuesta por parte de los niños fue excelente. Ahora forman parte de ella 140 jugadores de todas las edades.
La Escuela, que gestiona el propio club, oferta la práctica del fútbol a todos los niños y niñas que quieren practicar su deporte favorito, sin límite de edad. José María Mayor Hornero, Pedro Cárdenas Torres y David Santiago Ortiz son los monitores que trabajan a diario con los chavales. El Ayuntamiento de Sigüenza cede tanto al club como a la Escuela de Fútbol las instalaciones de La Salceda y mantiene una subvención anual para el equipo.
Las categoría pre-benjamín y benjamín tienen inscritos a 26 niños entre los cinco y los nueve años. La categoría alevín acoge en sus filas 14 niños. Juegan en el grupo C de la Liga Provincial compuesto por ocho equipos. Esta temporada hay 64 equipos en toda la provincia de Guadalajara. Los infantiles que no llegaron a reunir el cupo mínimo de fichas para formar equipo, entrenan y compiten con los cadetes. En total tienen 27 fichas. La Escuela tiene inscritos a 25 jugadores juveniles que disputan su propia competición y surten además de jugadores a las plantillas sénior.
En categoría sénior la ciudad está representada por dos equipos. El filial o Sigüenza B tiene 25 jugadores, todos ellos de Sigüenza, que compite en el grupo VI de la Segunda Autonómica. El primer equipo ascendió el año pasado. En la temporada actual milita en el grupo II de la Primera Preferente castellano-manchega. Cuenta con 20 fichas y lo entrena Paco Maestre. Poco después del final de la primera vuelta, el conjunto arlequinado se ha consolidado en la categoría, manteniendo desde hace muchas jornadas una tendencia ascendente que los mantiene en el noveno puesto con la permanencia ya casi garantizada.